Klášter byl založen roku 1259 Vokem z Rožmberka. Prvních 12 mnichů se svým opatem sem přišlo z cisterciáckého kláštera Wilheringu u Lince. Celkem 7 století zůstal klášterní život ve Vyšším Brodě nedotčen. Poprvé byli řeholníci vyhnáni v roce 1941 nacisty a potom byl v roce 1950 klášter zrušen komunisty. Dnes zde opět žije komunita mnichů, kteří se snaží o obnovu řeholního života a zanedbaného klášterního komplexu.
Návštěvníci kláštera si mohou zúčastnit bohoslužeb, a také si mohou prohlédnout gotický chrám, křížovou chodbu a kapitulní síň, barokní knihovnu a řadu uměleckých děl v expozicích klášterních sbírek. Klášterní knihovna je třetí největší knihovnou v českých zemích. Hluboký dojem na každého jistě udělá deskový obraz Vyšebrodské Madony a nezapomenutelným zážitkem bude poslech unikátních klášterních varhan. V kapli nad hlavní lodí klášterního chrámu je archivován vzácný Závišův kříž.
Ke chrámovému pokladu kláštera patří tzv. Závišův kříž. Původ jeho vzniku je nejasný. Podle nejpravděpodobnější z hypotéz se kříž dostal do Čech s uherským korunním pokladem v roce 1270, který dovezla Anna Mačevská, dcera Bély IV., prchající před svým bratrem Štěpánem V., hledající útočiště u své dcery Kunhuty, manželky krále Přemysla Otakara II. Po bitvě na Moravském poli roku 1278 zůstaly klenoty v držení ovdovělé Kunhuty. Po svatbě se dědictví Kunhutino dostalo do rukou Záviše z Falkenštejna, který v době někdy mezi rokem 1280 až 1288 daroval vzácnou relikvii vyšebrodským cisterciákům na důkaz zvýšení prestiže kláštera a zdůraznění významu Vítkovců ve vztahu ke klášteru, jako k reprezentativní rodové nekropoli.
Vzdálenost vzdušnou čarou 800 m SZ směrem z centra města Vyšší Brod.